运行环境监测，是指核设施正式投入热运行（如反应堆装料）后所进行的环境监测。由于设施的正式运行意味着放射性物质向环境释放的可能性已经存在，因此从理论上来讲，以后的环境状态一般不能再被看作为不受干扰的初始状态。前面列出的环境监测计划的内容和范围是最全面的和详尽的。运行时监测计划的主要任务是监测设施运行对环境的影响，具体可以包括以下几点：

　　（1）监督核设施的放射性流出物排放是否满足国家标准的相关规定；

　　（2）核查、评估核设施放射性物质的年释放量，核查核设施对流出物的处理和控制是否正常，为国家优化对核设施厂流出物排放限值管理提供依据。

　　（3）通过对监测结果的分析，监督核设施运行对周围环境所产生的即时影响或长期累积趋势，以便查找原因采取相应措施。　　

　　（4）提供估算核电厂周围公众集体剂量的主要基础数据之一，通过对监测结果的分析估算关键居民组所受剂量当量或其可能上限。

　　（5）通过实际测量不断累积资料，以便进一步确认“三关键”，并确定监测时采用的各种参考水平值。

　　（6）通过对监测结果的分析，发现原来监测计划的不完善环节，加以评议并改进。

　　（7）发现异常释放时，尽快追踪监测，必要时转入事故应急监测。

　　（8）通过对监测结果的分析，并补充必要的研究工作，以便尽可能为摸索核素在环境中的转移规律和参数，收集有用的实际资料。

　　（9）验证核设施环境影响评价报告中的环境影响评价结论及措施建议，为优化同类核设施的环境影响评价提供资料和依据。